O Porto de Santos foi inaugurado em 1892 e a partir deste momento a cidade de Santos iniciou uma nova fase, visto que houve substituição dos até então velhos trapiches e pontes fincadas em terrenos lodosos por aterros e muralhas de pedra.

O grande idealizador da transferência do porto da baía de Santos para seu interior foi Braz Cubas, pois visualizou a possibilidade de proteger as cargas de ataques piratas e saqueadores do povoado.

Enguaguaçu foi o local escolhido para a instalação da Alfândega em meados 1550, visto que o acesso a este local era feito pelo canal Bertioga. Devido ao povoado que se instalou neste local, foi necessária a construção de uma capela e de um hospital que recebeu o nome de Casa da Misericórdia de Todos os Santos em 1543. Em 1546, este povoado foi elevado à condição de Vila do Porto de Santos.

Devido a ausência de manutenção na área portuária, durante três séculos e meio o Porto de Santos expandiu-se, porém mantendo seus padrões iniciais, com falta de equipamentos, recursos e total necessidade de pleno trabalho físico dos operários. É importante destacar que as condições higiênicas e salubridade tanto do porto como de belíssima cidade santista estavam totalmente comprometidas, o que facilitou o aparecimento de doenças epidêmicas.

A cidade de Santos e o Estado de São Paulo se desenvolveram e obteveram grande expansão do comércio devido ao início da operação da São Paulo Railway, pois a mesma permitia através da via férrea ligar a Baixada Santista ao Planalto e tudo através do estuário.

O grande potencial de Santos sem dúvida naquela época foi o café, visto que o mesmo era consumido em algumas áreas da Baixada Santista e a partir disso, as autoridades visualizaram a necessidade de modernizar as instalações portuárias, pois o café poderia e deveria ser distribuído e também exportado com maior rapidez.

A Companhia Docas de Santos, antes denominada de Gaffrée, Guinle & Cia., e que possuia sua sede no Rio de Janeiro, em julho de 1888, através do Decreto nº. 9.979 conseguiram permissão para construir e explorar inicialmente por 39 anos e posteriormente por 90 anos o Porto de Santos. Com isso, em 1892 o Porto de Santos foi de fato inaugurado e expande-se dia após dia e de acordo com os ciclos de desenvolvimento do país. Porém, até evoluir para a utilização dos conhecidos contêineres, muitas cargas foram saqueadas no decorrer dos anos.

Atualmente, cargas como Açúcar, café, laranja, algodão, adubo, carvão, trigo, sucos cítricos, soja, veículos, granéis líquidos diversos, entre muitas outras, fazem parte do cotidiano do porto, que desde 1892 já movimentam nada mais e nada menos que 1 bilhão de toneladas de cargas dos mais variados tipos.

Salienta-se que em 1980 terminou a concessão da Gaffrée, Guinle & Cia e o Governo Federal criou a Codesp (Companhia Docas do Estado de S. Paulo), sendo esta uma empresa de economia mista e a atual administradora do Porto de Santos.

Anualmente, o Porto de Santos está movimentando em média mais de 60 milhões de toneladas das mais variadas cargas, sendo este fato algo totalmente imprevisível na época de sua inauguração.